能源微生物学是在环境保护和环境工程事业蓬勃发展的基础上应运而生的一门微生物学的新的分支学科，生物工程又称发酵工程。能源微生物学是讲如何利用微生物的生理生态、细胞结构及其功能特性，包括微生物的营养、呼吸、物质代谢、生长、繁殖、遗传与变异等基础知识，来进行城市生活污水、工业废水和城市有机固体废弃物等的生物处理和废弃生物处理的学科。