噬菌体有时有益，有时有害。益是因为它会“吃”掉某些在人体内的病菌，可能起到治病的效果；害是因为它可能会“吃”掉一些益菌或其它本身属于害菌但被人利用做一些有益的事的细菌或真菌（如：大肠杆菌、葡萄球菌、酵母菌等）造成很大的损失。