1、参保对象不同：农村合作医疗保险的参保对象是农村户口居民，社保参保对象为在职职工或城镇居民。

2、保障期限不同：农村合作医疗保险是交一年保一年，社保中的医疗险是要求持续缴纳最少15年才可以享受终身医保待遇。

3、报销比例不同：农村合作医疗保险报销比例较低，而社保中的医疗保险报销比例较高。