南充属于长江流域。南充市境内主要的河流有嘉陵江、西充河、虹溪河、东河、清溪河、枸溪河、白溪河、螺溪河，均属于长江流域。南充降水丰富，多年平均降水量按1000毫米计算，扣除蒸发量，年产水总量大约41.91亿立方米，多年平均径流深为313毫米左右。

南充地下水多分布在境内嘉陵江的干支流两岸第四系冲积、洪积层中，主要有松散堆积孔隙水和碎屑岩孔隙裂隙水两种。嘉陵江为流经市域的最大河流，境内干流长301千米，嘉陵江与其左岸较大的支流东河、构溪河和右岸较大的支流西河、白溪河构成了南充丰裕的水系。