权利不同：日本是君主立宪制的国家，天皇只是虚位元首没有实权，权掌握在由议会产生的责任内阁手里，而作为内阁总理大臣的首相无疑是掌权者。

地位不同：日本的天皇是国家的象征，而首相则是国家政党的领袖和政策的决策人。

称号不同：日本天皇是日本皇帝的称号，也是神道教的最高领袖，乃现今世界中唯一使用皇帝（Emperor）称号的无权君主，以其为首的日本皇室则是世界上现存的皇室更是日本国家的象征。天皇制是世界历史上最长的君主制度（书籍记载于1868年）。内阁总理大臣，简称总理大臣总理通称首相，是日本内阁的最高首长，也是日本实际的政府首脑领导各行政机关运作。其产生方式是在国会议员之中择一提名再经国会议决指名，在形式上由日本天皇任命。