首先是房屋的性质是不同的，存量房主要指的是没有居住过的二手房，二手房是备过案并再次交易的房产。其次是市场的级别不同，存量市场指一级半市场，二手房指的是三级市场。最后是房屋包含的内容是不同的，存量房是包括开发楼盘的尾盘、法院查封的房屋等，是没有使用过的住宅，二手房是包括商品房、经济适用房等。