目的基因的制备方法有两种，一种是从供体细胞的DNA中直接分离基因，最常用的方法是“鸟枪法”。另一种是人工合成基因，以目的基因转录的信使RNA为模板，反转录成互补的单链DNA，再在酶的作用下合成双链DNA，即目的基因。

目的基因是指在实验中研究或操纵的特定基因。在基因克隆过程中目的基因就是要分离、纯化、克隆并转化到生物体的那个可以带来预期表型性状如抗虫或耐除草剂的基因。