1、微生物是自然界最重要的分解者，对维持生态平衡重的物质循环、分解生物遗体有极为重要的作用；

2、一些自养微生物，如蓝藻，还有一些浮游微生物，是食物链的起始端；

3、有些微生物可以分解有毒物质，对污水处理、自然界自净作用有很重要的意义；

4、迄今为止，能够分解石油等烃类有机物的只有微生物,对处理石油污染有很重要的作用；

5、在一些没有阳光的地方，自养微生物是整个生态链的基础。如海底热液孔生态中的硫细菌；

6、能够致病的微生物能够控制它们的寄主的数量，甚至影响寄主的进化方向，对整个生态平衡有很重要的作用；

7、一些动物和植物都有共生微生物，如果缺少这些微生物，它们的生长就会受到不同程度的影响。如豆科植物和根瘤菌、地衣中的真菌。