厕所的小飞虫可以使用杀虫剂、灭蚊工具、食用碱来消灭。

1.使用杀虫剂。把厕所卫生打扫一下，将厕所的垃圾清理干净，然后关闭厕所的窗户，喷洒杀虫剂，最后将门关紧就可以了，等待几个小时后，小飞虫就会被杀虫剂杀死。

2.使用灭蚊工具。可以准备一个灭蚊灯或是蚊香，紫色的灭蚊灯会将小飞虫吸引过来，然后会通过电网将其电死，也可以将蚊香点燃再放在厕所里面。

3.使用食用碱。小飞虫一般都是从卫生间的下水道飞出来的，可以准备一个杯子，在杯子里面倒入适量的食用碱，不但能够有效的将小飞虫杀死，而且还具有去污的作用。