不动产和房产证在性质、发证机关、版本上存在着区别如下：1、性质不同，不动产证包括房产证和土地使用权证。而房产证通常指的是房屋的所有权证，在这里边并不包括土地的使用权证。2、发证机关是不一样的，不动产证一般是由人民政府统一负责的，而房产证的发证机关一般是由县一级或者市一级的房地产管理局或人民政府负责的。3、版本不同，房产证一般只有一个通用的版本，但是不动产证一般有两个版本，主要是单一版和集成版。4、内容不同，房产证里边注明了房屋的所有权人，房屋的坐落，登记的时间等等，而不动产证注明了权利人、证件号、登记的原因、使用权限等等。