首先按瘘管位置高低此种分类方法，这个是在医学上比较常用的。（1）低位肛瘘瘘管位于外括约肌深部以下。可分为低位单纯性肛瘘（只有1个瘘管）和低位复杂性肛瘘（有多个瘘口和瘘管）。（2）高位肛瘘瘘管位于外括约肌深部以上。可分为高位单纯性肛瘘（只有1个瘘管）和高位复杂性肛瘘（有多个瘘口和瘘管）。

然后按瘘管与括约肌的关系（1）肛管括约肌间型约占肛瘘的70%，多因肛管周围脓肿引起。瘘管位于内外括约肌之间，内口在齿状线附近，外口大多在肛缘附近，为低位肛瘘。（2）经肛管括约肌型约占25%，多因坐骨肛管间隙脓肿引起，可为低位或高位肛瘘。瘘管穿过外括约肌、坐骨直肠间隙，开口于肛周皮肤上。（3）肛管括约肌上型为高位肛瘘，较为少见，约占4%，瘘管在括约肌间向上延伸，越过耻骨直肠肌，向下经坐骨直肠间隙穿透肛周皮肤。

最后肛瘘外口反复流出少量脓性、血性、黏液性分泌物为最主要的表现了。较大的高位肛瘘，因瘘管位于括约肌外，不受括约肌控制，会时不时的有粪便和臭屁排出来的。