笔头不同。记号笔的笔头多为圆的，马克笔是方头拥有坚硬笔头。

记号笔一般以油性为主，色泽不易脱落，因其功能单一，颜色种类选择不多，笔头的变化也较少。马克笔一般有油性、水性、酒精三种，颜色种类繁多，笔头变化也较大。

记号笔颜色较少，多用于做记号。马克笔颜色较多，多用于画图。

记号笔颜色不易擦除，马克笔颜色容易擦除。