秦琼是吐血而亡。因为年轻时上阵杀敌时实在太过拼命，导致元气大伤，身上时常受伤，而这些伤口，在秦琼年老时渐渐地露出了弊处。而还有另外一种说法是说，晚年的秦琼赌气与尉迟恭赌气争帅印而不顾自己体弱举金狮，结果加剧了身体的衰弱。不过这种说法并不是特别的可信，但是不管中间如何的众说纷纭，最终的结果仍旧是秦琼最后久病缠身，病死床前。在唐朝统一后，秦琼疾病缠身，身体日渐衰弱，最终病死床前。一个戎马半生的将领，最终于贞观十二年因病而死，不得不叫人唏嘘。秦琼死后，李世民悲伤无比，随后又追封为徐州都督、胡国公。将其画像置于唐朝专门悬挂唐朝有功之臣的凌烟阁内。