失踪两年后可以注销户口。失踪后由失踪人员家属或单位、村委会向人民法院申请失踪人员死亡，人民法院根据实际情况做出判决后，才可以注销户口。而法律规定自然人下落不明满二年的才可以向法院申请宣告失踪。

【法律依据】

《民法典》第四十条，自然人下落不明满二年的，利害关系人可以向人民法院申请宣告该自然人为失踪人。

（《民法典》生效时间是2021年1月1日）