对于哈拉巴文化消失的原因，印度史学家提出了两种假说：

1、地质和生态变化说，证据是：印度河床的改造、地震以及由此而引起的水灾，都会给古城文化带来巨大的破坏，河水的泛滥，沙漠的侵害，海水的后退引起生态的巨大变化；

2、外族入侵说，学者认为，大约在公元前1750年左右，印度河流域的一些城市遭到了很大的破坏，特别明显地表现在摩亨佐达罗的毁灭，而且在这座城市的街巷和房屋里留下了不少像是被杀戮的男女老幼的遗骨。