首先，通常由导致组织损伤的伤害性刺激引起。刀割、棒击等机械性刺激，电流、高温和强疼痛酸、强碱等物理化学因素均可成为伤害性刺激。组织细胞发炎或损伤时释入细胞外液中的钾离子、5-羟色胺、乙酰胆碱、缓激肽、组胺等生物活性物质亦可引起疼痛或痛觉过敏。

其次，疼痛还可以由于心理原因引起，而无明显直接的物理原因。这也就是说，疼痛易受注意、暗示和期待等心情的影响。此外，一个人以往的经历和当下的现状均会带来疼痛或加重疼痛。