微生物，是指一切肉眼看不到或看不清楚，因而需要借助显微镜观察的微小生物，包括细菌、病毒、真菌以及一些小型的原生动物等在内的一大类生物群体。它个体微小，与人类生活密切相关，涵盖了有益有害的众多种类，广泛涉及健康、食品、医药、工农业、环保等诸多领域。在中国大陆地区的教科书中，把微生物划分为以下8大类：细菌、病毒、真菌、放线菌、立克次体、支原体、衣原体、螺旋体。

9世纪末和20世纪初，微生物学被牢固地建立起来。其后，它的主要发展有两个方面：一是研究传染病和免疫学，研究疾病的防治和化学治疗剂的功效；另一方面是和遗传学的结合。