李瑞清以“嚼得菜根，做得大事”为校训，“俭朴、勤奋、诚笃”为校风，倡导“匡时而振俗”，主张融会贯通中西之学以造就“中国之培根、笛卡尔”，为近代南京大学大学品风之雏形。

在李瑞清的悉心主持下，两江师范学堂成为名副其实的江南第一学府。声誉卓著，学生成绩为江南各高校之冠。名师汇集，著名学者如王伯沆、柳诒徵、刘师培、夏敬观、姚明辉、雷恒、萧俊贤、钟钟山、松本孝次郎皆执教于此。培养出了许多著名的学者和专家，如生物学家秉志、教育学家廖世承、戏曲史家陈中凡、艺术教育家吕凤子。