国家赔偿的赔偿部门是一类是刑事赔偿义务机关，另一类是行政赔偿义务机关，不同类型的案件会由不同的机关单位进行赔偿，另外，不同的涉案部门，赔偿单位也会不同。

【法律依据】

《国家赔偿法》第二条，国家机关和国家机关工作人员行使职权，有本法规定的侵犯公民、法人和其他组织合法权益的情形，造成损害的，受害人有依照本法取得国家赔偿的权利。本法规定的赔偿义务机关，应当依照本法及时履行赔偿义务。