三峡段主要以卵石为主，在水库蓄水后，这些卵石和泥沙就会堵塞住重庆港，上延抬高洪水位、淹没田地；另外，由于三峡是四条巨川排泄段，在此蓄水会使下游水量急剧减少，外加巨型水库里的水吸热蒸腾返回上游，势必会造成下游干旱---黄万里

黄万里一生主要反对过两项水利工程，一是三门峡工程，一是三峡工程。

三门峡工程是一五计划上马的水利项目，早被黄万里言中。据资料显示，1960年9月建成蓄水，到1962年3月其上游渭河潼关河床就抬高了45米，渭河成了地上悬河，严重危害着关中平原的安全。1973年河道淤积延至距西安只有14公里，又威胁到西安的安全。三门峡工程最终被迫主体功能弃置。

但黄万里反对黄河三门峡水利工程的结果是被错划成右派。

反对三峡的结果，也有目共睹。2006年，黄万里先生去世的5年后，三峡工程全线建成。

人们对三峡工程既有科技领域的担忧，更有腐败问题的担忧。最近爆出三峡集团的腐败丑闻，更强化了这种忧虑。