扶苏被流放是秦始皇三十五年。

秦始皇三十五年，即公元前212年，侯生、卢生相互讥讽、评议秦始皇的暴戾，并因此逃亡而去。

秦始皇闻讯勃然大怒，于是命令御史逮捕并审问所有的儒生。儒生们彼此告发，秦始皇亲自判处违法犯禁的四百六十多人，将他们全部在咸阳活埋。并向全国宣扬，让大家都知道此事，以惩戒后世。同时谪罚更多的人流放到边地戍守。

扶苏反对父亲秦始皇焚书坑儒的举措，多次上书劝谏秦始皇说：“天下刚刚安定，边远地区百姓尚未归附，儒生们全诵读并效法孔子的言论，而今陛下却用严厉的刑法处置他们，我担心天下会因此不安定。希望陛下明察。”

由于扶苏的屡次劝谏，因而触怒秦始皇，秦始皇便有意疏远扶苏，于是派扶苏前往上郡监督大将军蒙恬的军队 ，协助蒙恬修筑万里长城，抵御北方游牧民族匈奴。