1、根据形状分为三类，即：球菌、杆菌和螺旋菌。

2、按细菌的生活方式来分类，分为两大类：自养菌和异养菌，其中异养菌包括腐生菌和寄生菌。

3、按细菌对氧气的需求来分类，可分为需氧（完全需氧和微需氧）和厌氧（不完全厌氧、有氧耐受和完全厌氧）细菌。

4、按细菌生存温度分类，可分为喜冷、常温和喜高温三类。