农村合作社开具的发票，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额，计算公式：进项税额=买价×13%。抵扣进项税额是指企业在生产经营过程中购进原辅材料、销售产品发生的税额后，在计算应缴税额时，在销项增值税中应减去的进项增值税额，简称进项税。