绿藻、褐藻、红藻的区别主要是其色素不同。

绿藻约6700种。光合色素的比例与种子植物和其他高等植物相似。典型的绿藻细胞可活动或不能活动。具有一中央液泡，色素在质体中，质体形状因种类而异。细胞壁由两层纤维素和果胶质组成。食物以淀粉的形式储存于质体内的蛋白核中。

褐藻一群较高级的藻类，约1500种，分布大陆沿岸的冷水水体，淡水中罕见。其颜色取决於褐色素与绿色素的比例，从暗褐到橄榄绿。充气的气囊使叶状体的光合部分浮於或接近水表。

红藻约3000种。红藻，绝大多数为多细胞体、极少数为单细胞体的藻类。藻体紫红、玫瑰红、暗红等色。红藻绝大部分生长于海洋中，分布广，种类多，据统计约有558属、3740余种，又分为两个亚纲：紫菜亚纲和真红藻亚纲。其中不少红藻有重要经济价值。除食用外，还是医学、纺织、食品等工业的原料。