第一，长期单独使用药物雌激素，患心血管疾病和乳腺癌等疾病的几率大大增加，可使子宫内膜癌发生率增加5～7倍。

第二，短时间内吃大豆异黄酮这种药应该问题不大，长期就会对机体产生抗体，可能对以后的治疗有一定的影响。

第三，因为大豆异黄酮是雌激素，所以雌激素的所有禁忌症都是大豆异黄酮的禁忌。如雌激素水平高、有子宫肌瘤、乳腺增生、胆囊炎以及性发育未成熟者等都不适合用。