主管药师两年有效期。主管药师有效期实行两年为一个周期的滚动管理办法，根据卫生专业技术资格考试办法的要求实施。主管药师考试采用机考的形式，考试试题均为客观题，采用计算机统一评分，不接受成绩复核申请。

关于主管药师有效期，以2020年首次参考举例如下：

考生甲在2020年报考了主管药师基础知识、相关专业知识、专业知识、专业实践能力全部四个科目。2020年考试通过了基础知识、专业知识两科；2021年就只要报考相关专业知识、专业实践能力两科，如果这两科在2021年通过了，那就算通过了主管药师资格考试，可取得证书。

如果在2021年相关专业知识科目通过，而专业实践能力没有通过，那到2022年考生甲在2020年通过的三科成绩作废。所以考生甲在2022年就必须报考除相关专业知识外的其它三科，并且全部通过，才算通过主管药师资格考试，可取得证书。