合同补充条款手写有效，但是必须手写部分是合同签订时在双方见证的情况下填写后签字，手写部分在双方各自持有的合同文本上都有，且处于落款的上方，手写部分是对打印部分的修改、解释，但在手写部分的旁边有双方签字就有效。

根据《合同法》第2条，合同是平等主体的自然人、法人、其他组织之间设立、变更、终止民事权利义务关系的协议。