它们的区别主要主要在于：

甲氧氯普安的作用机理主要阻断延脑的化学催吐感受区的D2受体，而产生强大的中枢止吐作用。阻断胃肠道多巴胺受体，使幽门舒张，加速胃肠蠕动，缩短食物在消化道停留时间。主要用于止吐和和功能性消化不良引起的胃肠功能低下。不良反应有头晕、便秘、困倦，长期用药可致椎体外系反应。

多潘立酮作用机理是阻断外周多巴胺受体发挥止吐作用。由于不易通过血脑屏障，对中枢神经系统无作用。促进胃肠运动是由于阻断胃肠D2受体，加强胃肠蠕动，促进胃的排空与协调胃肠运动，防止食物反流。不良反应有头痛等，较轻。