治疗一，有弱视者，可用遮盖治疗。交替遮盖对少数弱视患者有效，对防止抑制及异常视网膜对应无效，因为在婴儿时期，只有双眼正位，或至少10△以内斜视才能产生双眼单视。所以对先天性内斜视患儿早期，用交替遮盖数年，以后训练融合，再做手术是不对的。

治疗二，手术治疗，先天性内斜视治疗主要是手术矫正眼位，争论是何时，如何施行手术。主张手术应在6～12个月内进行，在6～12月期间施行手术要比12～18月期间施行手术术后恢复融合功能的机会高。根据研究材料证明，先天性内斜视在1岁以后手术矫正眼位，可以获得两眼融合。

治疗三，宝宝有斗鸡眼的情况可以去专业的眼镜店配备一个用来矫正斗鸡眼的镜片，这样可以有效地慢慢矫正宝宝斗鸡眼的情况。