1、有特异识别和切割的序列部位。

2、断裂所形成的DNA片段常具有碱基互补的单链尾巴，即粘性末端。

3、内切酶的切割和修饰功能由两个不同的酶催化所完成，即内切酶活性和甲基化作用活性是分开的。

4、 二型限制性酶DNA分子上两个单链断裂的部位通常不是直接相对的。