1、最主要的原因是没有建立稳固的“革命”根据地。黄巢的起义军始终是流动作战，在占领了新的地区后，就把原有的地区放弃了，黄巢从来没有建立一个真正的农民起义根据地。

2、黄巢对消灭旧政权的认识不足，没有乘胜追击，消灭敌人的有生力量。农民起义军攻占了长安，停止了对唐朝政府的军事追击，使逃到四川成都的唐僖宗有了得以喘息的机会，唐朝政府纠结各地的反动势力反扑起义军，导致起义失败。

3、黄巢起义军放弃了江淮经济重地，失去了财力支持。当时的江南地区是全国的经济中心。粮食财物通过大运河北上供给北方，起义军放弃了江淮，那里的粮食源源不断地运输到成都，于是唐僖宗又有了卷土重来的资本。

4、重大战略失误。黄巢起义军攻长期围陈州，造成农民军伤亡惨重，而唐朝政府利用黄巢起义军围攻陈州的时候，拼凑大量的部队，准备大反攻。

5、黄巢用人不当。黄巢的很多手下在作战期间背叛了他，这也是黄巢起义失败的原因。