第一，甲状腺功能亢进期应予以保守治疗，通常只需β-阻滞剂。抗甲状腺药物，外科和放射治疗是禁忌证。短暂期甲状腺功能减退可能需用甲状腺激素替代治疗。虽然某些可以是永久性甲状腺功能减退，但大多数甲状腺功能恢复正常，因此在6～12个月以后，要重新评估甲状腺功能。

第二，对轻度甲状腺肿大而无症状者可不予治疗，应随访观察。甲状腺明显肿大或有甲状腺功能减低时，即使仅有血清TSH增高，应给予甲状腺制剂治疗。甲状腺肿大迅速，或伴有疼痛，或有压迫症状者，可短期应用糖皮质激素治疗。桥本甲亢应采用小剂量抗甲状腺药物等治疗，一般不用131碘和手术治疗，以免导致严重甲减。

第三，较严重和迁延病例主张用皮质类固醇，这个在用了之后两天之内就会完全消失，只是这个相对来说会有一定的副作用。当甲状腺放射性碘吸取恢复正常，治疗就可以结束了，病情就会变好了。