即长末端重复序列，其长度从100bp到5kb不等。是存在于LTR反转录转座子(LTRs)两侧翼的长末端重复序列。LTR反转录转座子和非LTR反转录转座子都是真核生物中一类可移动因子，因其转座需经由RNA介导的反转录过程而得名。

LTR反转录转座子一高拷贝在生物界广泛分布，可以通过纵向和横向分别在世代之间和不种间进行传递，同一家族的反转录转座子具有高度的异质性。反转录转座子在一些生物和非生物的逆境条件下可以被激活。利用LTR的特点，基于LTR的分子标记相继发展起来。并且在引物开发、基因作图、生物遗传多样性和系统进化、品种鉴定等方面具有广泛的应用前景。