农合医疗可以在北京报销，前提是要到国家指定的正规的甲等医院。

办理手续的步骤如下：1、办理转诊，分三种情况：第一种情况：在本地发病医院诊治不了的情况下，提出转诊的，到外地定点医疗机构就医的，转诊时需在本地医院或者农合办公室办理转诊证明书，或是转出后再转回本地办理。第二种情况：如果是外地突发疾病，这种就不需要转诊证明了，只需出院后携带病历和外出证明就可以报销了。第三种情况：如果是长年在外地，就医，可以持相关资料回当地报销。如本人不便回户籍地，可将齐全的资料寄与委托人代为办理。准备材料：（1）患者的《农合证》、户口本、身份证原件；（2）医疗转诊、转院审批表（外地务工或外地居住的需提供务工所在单位或居住地村级以上部门证明）；（3）诊断证明；（4）出院证明；（5）住院医疗费用汇总清单；（6）住院收费发票；（7）加盖公章的住院病历复印件（包括病历首页、长期医嘱、临时医嘱、出院小结）。

如果是提交代理人代理申请的，还要提交代理人的身份证复印件及与参合病人关系的证明材料。