新农合和医保的区别主要体现在四个方面：

1、新农合主要针对农村户口，医保主要针对城镇居民以及企业职工；

2、新农合上缴的费用一般比医保要低；

3、新农合可以报销的医药目录比医保要少；

4、新农合在乡镇医院的报销比例高，而医保在市级医院报销比例更高。