治疗一，患有甲状腺囊肿之后最快捷的方法就是通过手术来治疗，手术切除囊肿部位是可以有效避免甲状腺囊肿再次复发的。

治疗二，缺碘所致者，应补充碘剂这是甲状腺囊肿的治疗方法之一。但注意过量碘可抑制甲状腺素的合成、甲状腺肿增大，甚至诱发碘甲亢。

治疗三，口服小至中量的甲状腺药物，促使甲状腺缩小，但对病程长者则不能使之缩小。应用替代治疗要防止过量引起药源性甲亢。这也是治疗甲状腺囊肿的方法。