孙中山领导二次革命的目的是推翻袁世凯政府。1913年10月6日，国会选出袁为第一任正式大总统。11月4日，袁世凯以“叛乱”罪名下令解散国民党，并驱逐国会内国民党籍议员。国会由于人数不足而无法运作，不久即被解散。袁世凯从此成为寡头总统，并于数年后称帝。二次革命的失败是民国史上一个不幸的开端。袁世凯称帝失败之后，不少建立民主国家必须的举措，如将军队国家化、民选议会、以法治国等等，于事后都失去了健康发展的契机。政治基础不牢，武装力量薄弱，亦二次革命失败原因之一。二次革命”的领导者没有发动广大人民群众参加。此外，亦有观点认为辛亥革命后全国民主气氛浓厚，宋教仁案仍有通过法律渠道解决的可能，国民党急于讨回公道而诉诸武力，摧毁了辛亥革命后建立的代议制政体，成为民国时期军阀混战的开端。