合作医疗甲类乙类的意思是指《基本医疗保险药品目录》分"甲类目录"和"乙类目录"。“甲类目录”的药品是使用广泛，疗效好，同类药品中价格适中的药品。“甲类目录”由国家统一制定，各地不得调整。“乙类目录”的药品是可供临床治疗选择使用，疗效好，同类药品中比“甲类目录”药品价格略高的药品。