1、企业挂牌的门槛不同：精选层的门槛最高，创新层次之、基础层最低。

2、投资者的交易门槛不同：三个层次都要求要两年的股票交易经验才可以开户，但是新三板精选层、创新层和基础层的资金门槛不同，分别为100万元、150万元、200万元。

3、交易制度不同：精选层股票将实施连续竞价交易制度，其涨跌幅为30%;基础层、创新层股票继续实施集合竞价交易或做市商交易制度，集合竞价最多跌50%最多涨100%。

4、虽然新三板的潜力大，但同时风险也很大，大多数散户是不具备直接投资新三板的条件的。但是，随着新三板改革的推进，市场也出现了可以投资新三板精选层的基金，我们可以通过新三板基金来投资新三板。