三方协议和两方协议的区别是合同本质不同，三方协议书，三方是指毕业生、用人单位和毕业生所在院校。三方协议是《全国普通高等学校毕业生就业协议书》的简称，它是明确三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式，能解决应届毕业生户籍、档案、保险、公积金等一系列相关问题。

协议在毕业生到单位报到、用人单位正式接收后自行终止。双方协议签订的主体是两方，不涉及到第三方，只要双方意思表示真实即可。