首先，对申请人提起职能管辖权异议的，不涉及到法院的，正在进行管辖的侦查机关将此异议移交同级法院审查，异议成立的，同级法院裁定将案件移送有管辖权的侦查机关处理，异议不成立的，驳回当事人的申请。

其次，对申请人提起审判管辖权异议以及涉及到法院的职能管辖权异议的，正在进行管辖的司法机关的上一级法院经过审查后，应当用裁定书认可管辖权异议成立并作出移送案件的裁定，或用裁定书驳回异议。

【法律依据】

《民事诉讼法》第一百二十七条规定，人民法院受理案件后，当事人对管辖权有异议的，应当在提交答辩状期间提出。人民法院对当事人提出的异议，应当审查。异议成立的，裁定将案件移送有管辖权的人民法院;异议不成立的，裁定驳回。当事人未提出管辖异议，并应诉答辩的，视为受诉人民法院有管辖权，但违反级别管辖和专属管辖规定的除外。