消化功能紊乱比如睡前吃得过饱，大量食物充斥胃肠而刺激了消化道，神经把这些刺激传到大脑，使管理消化的脑细胞兴奋起来，通过反射作用，引起磨牙。

营养不均衡有些孩子有挑食的习惯，特别是不爱吃蔬菜，形成营养不均衡，导致钙、磷、各种维生素和微量元素缺乏，引起晚间面部咀嚼肌的不自主收缩，牙齿便来回磨动。

肠道寄生虫病蛔虫最喜欢在孩子睡着了以后在肠子里活动，并且分泌多种毒素。毒素刺激肠道，加快肠道蠕动，引起消化不良，脐周疼痛，睡眠不安；如果毒素刺激神经，致使神经兴奋，而致磨牙。同样蛲虫也会分泌毒素，并引起肛门瘙痒，影响孩子睡眠并发出磨牙声音。