所谓融合基因，是指将两个或多个基因的编码区首尾相连。置于同一套调控序列控制之下，构成的嵌合基因。融合基因的表达产物为融合蛋白。根据构成融合基因的种类，可以将融合基因分为四大类：

1、由报告基因和功能基因构成的融合基因。主要目的是对功能基因进行示踪，研究其功能及特性。

2、由信号肽或单体蛋白的序列与功能基因构成的融合基因。其主要目的是利用信号肽或单体序列携带目的基因高效表达，从而提取纯化目的蛋白，为生产或科研所用。

3、功能基因与功能基因的融合。可分为两类：相同功能基因的融合，目的是增强基因的功能，扩大基因的应用范围。不同功能基因的融合，为特殊需要而构建。

4、报告基因与抗药性基因的融合用于构建融合载体，以利于插入大片段的cDNA或作为双功能标记。