祖屋的宅基地确权，根据《土地管理法》第十六条的规定，确权的权利主体为乡级或县级以上人民政府，也就是说只有乡级或县级以上人民政府才具有确认所有权和使用权的权力。农村土地确权的主管部门目前是国土+农业，五年内要统一过度到国土主管。