病死。

万历十一年病死，时年81岁，死后赠太师封号，谥号文贞。

和高拱斗争，后来失意回乡，一次高拱路过其家乡，本想捐弃前嫌，可是徐玠认为高拱在羞辱他，于是忧愤成疾，在高拱登门之前病死了。他曾和高拱张居正代表朝廷清流同严嵩严世蕃父子做了长期的斗争。