第三方协议签完后对考研是否有影响取决于协议内容是否与限制协议者考研。若协议中不允许协议者考研，即考研为违约行为，若协议中没有相关条款，即考研不是违约行为。

若协议者考研，应根据协议内容判断自己是否存在违约行为。若协议内容中考研为违约行为，则协议者需要赔偿违约金，一般违约金为三千到五千左右，但是在大部分公司签订的协议中对考研没有相关限制。