早在清代将较早内附的漠南蒙古各部称为“内札萨克蒙古”，将后来陆续归附的喀尔喀、厄鲁特等部称为外札萨克蒙古，不设札萨克的察哈尔、唐努乌梁海等部称为内属蒙古。“内札萨克蒙古”后来演变出“内蒙古”一词。

在蒙古语中，内蒙古的名称原来和汉语一致。1947年内蒙古自治政府将蒙古语名称更改为，并沿用至今。其中一词蒙古文意思是“山的阳面”即“阴山的南面”。汉语一般仍称为“内蒙古”，也有少数人称这一地区为来源于漠南蒙古的一词，“南蒙古”。