古代玉门关主要有三种：

1、汉代玉门关。汉代玉门关修建于汉武帝时期，其关址为今天敦煌市西北80公里疏勒河南岸的小方盘城。小方盘城遗址南北长26米，东西长24米，残留的土墙高达9、7米，面积约630平方米。城北坡下有东西走向的大车道。

2、隋唐玉门关。通常认为设在汉代关址以东约200公里的唐代瓜州晋昌县北，即今天安西县城东50公里处的疏勒河南岸双塔堡附近。唐初高僧玄奘西方取经来回均通过此。隋唐玉门关关址南北长约160米，东西长约155米， 东、西开门，关周围有护城河。1958年修建水库时将关址淹没，只有冬季水库干涸时才可以露出水面。

3、五代宋初玉门关。 五代宋初的玉门关又称黑山峡，位于隋唐玉门关关址以东约200公里的今嘉峪关市西北15公里左右的石关峡。玉门关在1036年西夏占领河西走廊时被废弃。在玉门关遗址，人们可以看到用沙石、芦苇和红柳叠压修筑的烽火台，以及其它城堡的遗址。