在一般情况下，人体在使用酵素一段时间后，由于体质的好转，身体常有良性的反应，例如感到食欲旺盛，精力和体力增加，心情愉快，不易疲劳等。但是也有一些人在饮用酵素后出现一些看似异常的反应，这种异常反应的出现常常是一种好转反应，只不过在现象上看似异常。

发生反应的原因绝大多数与体内的排毒作用有关，其中以特殊体质的人较容易产生这些反应。饮用酵素后感到眩晕通常发生与血糖偏低者，这是由于使用酵素后会促进消耗体内多余的脂肪，从而可能使血糖降低。选用酵素建议选用纯天然无添加的，现在有很多酵素厂家为降低酵素成本提高效果，添加些化学物质，酵素不是药，不可能像吃药那样有明显效果。