农村合作医疗如果是住院，那么只要携带报销所需的资料，就可以去医院新农合窗口进行审核并报销。如果医院没有相关的报销窗口，那么出院以后需要去区行政服务中心新农合窗口报销医药费用。而外地就医的话，定点医院可以直接在医院进行报销，医院不能直接报销的话，需要回户籍所在地的卫生院报销。